Né dans une famille aisée, Pecqueur étudia les mathématiques et les arts de l’ingénieur. Il travailla à l’Hôpital militaire de Lille, où il découvrit les théories socialistes. Il monta à Paris en 1830, et rejoint les saint-simoniens. Il écrit alors pour Le Globe et d’autres feuilles saint-simoniennes, mais quitte le mouvement, en 1832, à cause des dérives religieuses de Prosper Enfantin. Il rejoint alors Fourier, et vit dans un phalanstère. En 1835, il écrit une biographie de Fourier. Il quitte Fourier en 1836, il publie une critique de son système et fonde alors le sien, tout en restant proche de certains de ses anciens amis : Pierre Leroux ou Victor Considérant.
Pecqueur, au contraire des précédents, est un des premiers partisans de l’appropriation collective des moyens de production, de distribution et d’échange, devenant le père du socialisme collectiviste français. Marx citera souvent Pecqueur dans les manuscrits de 1844 aussi bien que dans le Capital.
En 1839, il publie son œuvre majeure, deux volumes intitulés Économie sociale des intérêts du commerce, de l’industrie, de l’agriculture et de la civilisation en général, sous l’influence de l’application de la vapeur. Cetouvrage sera récompensé par a l’Académie des sciences morales et politiques. La même année, Pecqueur est chargé par le gouvernement d’étudier l’organisation des chemins de fer belges. Il recommandera dans son rapport que l’État investisse dans ce domaine.
En 1844, Pecqueur devient un contributeur régulier de La Réforme, le journal de Ledru-Rollin.
En 1848, il soutient le mouvement de février, il est nommé par Louis Blanc à la Commission du Luxembourg chargée d’étudier l’organisation du travail. Il propose, avec Victor Considérant, l’introduction des négociations collectives, la fondation de colonies agricoles par l’État, la construction de logements sociaux et la création de coopératives ouvrières, propositions qui ne sont pas retenues. Dans le même temps, Pecqueur est nommé directeur adjoint de la Bibliothèque nationale. Il publie aussi sous le pseudonyme de Greppo un livre destiné à répandre ses idées dans le peuple. En 1848-1849, il publie son journal, Le Salut du peuple, où il entame une polémique contre Proudhon, qu’il accuse de plagier certaines idées de Saint-Simon.
Pecqueur a aussi défendu l’idée d’organisations internationales où pourraient se régler les conflits internationaux, une fédération de toutes les nations, anticipant l’ONU. Outre Le Globe et Le Salut du peuple, il a écrit dans Le Phalanstère, La Revue du progrès, La Presse, La Réforme, La Revue indépendante, et bien d’autres.